Pemerintah, menurut Basuki, saat ini lebih memilih meningkatkan kapasitas pelabuhan Merak di Banten, dan Bakauheni di Lampung dengan menambah lajur akses menjadi 10:10, dan meningkatkan kapasitas kapal angkutan (ferry).
Sebelum ada Jembatan Merah Putih, Jarak Bandara Internasional Pattimura ke Kota Ambon yang berkisar 35 km harus ditempuh selama 60 menit dengan memutari Teluk Ambon.